500×500px の正方形のサムネイルは、使わなくても残します。
長方形のサムネイルしかないと、メディアライブラリや記事投稿時に表示されるサムネイルが長方形になってしまうため。
画像サイズも100KBない程度なので、容量も圧迫しません。

option.phpから指定できる「medium_large」は0にします。
medium_largeは横幅768pxで設定されていますが、大サイズを使えばよいからです。

画像トリミング時の注意

画像が小さいと、トリミングされたときの比率が変わってしまいます。

例：「900×600px」の設定に「1000×500px」の画像をアップすると「900×450px」の画像になってしまう

画像のトリミングではなく、CSSで対応する方法もありますが、テンプレートとして開発するのは難しいため、大きいサイズをアップすることでカバーする方が良いです。

largeの画像サイズ

横幅：1280px（参考：ZOOMLIFE）