「wwwなし」「wwwあり」を別のドメインとして登録し、それぞれのドメインを「wwwを付与せずマルチドメインとして使用する(上級者向け)」に設定して、別々のフォルダを指定します。
SSL証明書は1つの証明書で「wwwなし」「wwwあり」どちらでも有効ですので、両方に設定します。

wwwなしの.htaccessは下記のようにします。

RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^sample\.com$
RewriteRule ^(.*)$ https://www.sample.com/$1 [R=301,L]

参考:.htaccess – さくらサーバーのhtaccessでhttpsを検知するには – スタック・オーバーフロー